A handful of very common verbs have an irregular subjonctif présent stem rather than following the ils/elles-based rule. Être: que je sois, que tu sois, qu'il soit, que nous soyons, que vous soyez, qu'ils soient. Avoir: que j'aie, que tu aies, qu'il ait, que nous ayons, que vous ayez, qu'ils aient.
Other common irregulars include aller (que j'aille, que nous allions), faire (que je fasse), pouvoir (que je puisse), savoir (que je sache), and vouloir (que je veuille). Notice that even for these irregular verbs, the nous and vous forms often still resemble the imparfait pattern, the one part of the subjunctive that stays predictable.